Question: Clustal Omegaを使用するマトリックスはどのようなものを使用しますか?

clustal-omegaは、筋肉の[8] Fast Upmaの実装を使用して、距離行列からそのガイドツリーを構築します。デフォルトでは、距離行列はガイドツリーを構築するために内部的に使用され、次に廃棄されます.Clustal-Omegaは筋肉の[8] Fast Upma

を使用しますか?

HHArignアルゴリズムClustal OmegaはHHALIGTアルゴリズムを使用します。そしてそのデフォルト設定はそのコアアラインメントエンジンとして。アルゴリズムは、Söding、J.(2005) タンパク質相同性検出に関するHMM-HMM比較。

Clustalw?

で使用される異なる行列は何ですか?

はアルゴリズムの実行時の複雑さに関して、BLASTはSEANCES内のより重要なパターンのみを検索することによってFASTAよりも速いです。BLASTとFASTAの感度(または精度)は、核酸およびタンパク質シーケンス(http://www.bioinfo.se/kurser/swell/blasta-fasta.shtml)に対して異なる傾向があります。 FAST?

アルゴリズムの実行時の複雑さに関しては、BLASTはSEANCES内のより重要なパターンのみを検索することによってFASTAよりも速いです。 BLASTおよびFASTAの感度(または精度)は、核酸およびタンパク質シーケンス(http://www.bioinfo.se/kurser/swell/blasta-fasta.shtml)に対して異なる傾向があります。 FASTA?

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